2013年10月7日凌晨1时15分，浙江地区50年一遇超强台风“菲特”在距离平阳吹填软基处理项目附近的浙闽交界处登陆，中心附近最大风力高达14级，并伴有持续两天的特大暴雨，4处项目驻地板房全部垮塌，中四区和南二区的真空膜、射流泵、配电箱等设施损毁严重。灾难发生之初，公司领导深度关切项目受灾状态，并作出重要批示要求抓好抢险救灾工作。10月13日，公司党委书记孟宪初专程赶到项目部，代表公司对项目进行了深切慰问，并送去慰问金一万元。
       孟书记来到项目现场，实地察看了项目受灾情况。看到垮塌的板房和破坏的施工区域，十分心酸。孟书记详细听取了项目班子关于本次台风中项目受损状况的介绍，详细了解灾后的抢险应对状况。随后，在项目部召开的慰问座谈会上，项目部向孟书记详细汇报了本次台风的形成原因、防台措施、避台过程和灾后抢险的开展情况。孟书记说：灾难无情，港航有爱，此次虽然项目部有着充分的防台准备，但特大台风的正面登陆还是带来了较为严重的损失，要将协力队伍的灾后安抚工作妥善做好，全力配合做好保险理赔，尽快做好稳定安抚相关工作。同时，项目人员也要继续保持港航铁军不怕困难的奋斗精神，迎难而上，团结一致，共渡难关，为抓好灾后重建、尽快恢复正常生产施工做好准备工作。
       目前，项目部生活用电已恢复，施工用电尚未修复，灾后专项修复方案正在紧张制定中，保险理赔已完成调查取证，受损软基区块的修复工作已逐步展开。